Pérez Zeledón está ubicado en el extremo sur del país, en la region brunca, entre las coordenadas dadas por 9° 05' 37'' latitud norte y 83° 26' 83'longitud oeste.

La anchura máxima es de 68 kilómetros, en la dirección noroeste a sureste, desde el límite con el Cantón Aguirre, sobre el rió Savegre hasta confluencia del río caliente con la quebrada Guácima.
La extensión del Cantón de Pérez Zeledón es de 1905.51 kilómetros cuadrados, la cual representa un 38.42 % del territorio de la provincia San José y a su vez un 3.33% del Territorio Nacional.

Comprende los distritos San Isidro de El General, Daniel Flores, General, Rivas, San Pedro, Platanares, Pejibaye, Cajón, Barú, Río Nuevo, Páramo y La Amistad. La ciudad Cabecera, San Isidro de El General, está situada a 136 km de San José, Capital de Costa Rica. 

Limita al norte con los cantones de Paraíso, Jiménez, Turrialba y parte de Dota; al sur con el cantón de Osa, al este con los cantones de Limón, Talamanca y Buenos Aires al oeste con los Cantones Aguirre y parte de Dota.