Este Cantón está formado geológicamente por depósitos marinos clásticos del Oigoceno, rocas entrusivas principalmente miocénicas, incluyendo cuarzo, diorita, y en menor proporción granito y gabro. Por último, depósitos marinos clásicos y contementales (Terrazas) del Pleistoceno.

Pérez Zeledón presenta una superficie bastante quebrada, teniendo un 90% de su superficie con pendientes mayores al 6%, límite entre lo que se considera terreno plano y ligeramente ondulado. Solamente un 6% del área del cantón tiene una superficie plana, y un 4% es ligeramente ondulado, mientras que la superficie que es mayor al 30% representa el 56% de todo el cantón. 

Instituto de Desarrollo Rural, (2016). Caracterización del Territorio Pérez Zeledón. Pérez Zeledón, pp.36.