San Isidro del General cuenta con dos estaciones marcadas, verano: desde mediados de diciembre hasta mediados de abril, caracterizado por temperaturas calientes en las zonas costeras, cálidas moderadas en los valles y montañas medias, y zonas frescas en las montañas altas. El invierno, de mediados de abril a mediados de diciembre, es una época con una característica particular, con muchas mañanas soleadas y tardes lluviosas, con una que otra tormenta que trae consigo dos o más días de lluvia. 

La temperatura media anual se encuentra a 23.3 °C y la precipitación es de 2944 mm al año.